وتتأثر الكثير من المناطق السورية بتلوث المياه السطحية والجوفية، بشكل رئيسي بسبب مياه الصرف الصناعي والمنزلي، وقد أدركت الدولة خطورة هذه المشكلة وبدأت بإنشاء وتشغيل محطات لمعالجة مياه الصرف الصحي والصناعي في بعض المدن ما أدى الى التخفيف من التلوث الجرثومي والكيميائي للمياه السطحية والجوفية في تلك المناطق، ويتم حالياً توسيع شبكات للصرف في المدن الصغيرة وانشاء محطات معالجة لتجمعات ما بين ألف الى عشرة آلاف نسمة.‏