لكن مايواجه عمليات التخزين أن هناك مشكلة لا تزال تحتاج إلى حل لجهة تلوث بعض السدود بمياه الصرف الصحي التي تنساب في مجاري السيول والوديان لتنتهي إلى تلك السدود, بدلاً من الانتهاء إلى محطات المعالجة التي تم إقرارها منذ 11 عاماً والتي تأخر تنفيذها كثيراً, ليخرج بعضها من الخدمة جراء التلوث , كسد ابطع الكبير الذي تصل إليه المياه العادمة من المدن والبلدان المجاورة, رغم محاولات عدة لرفع التلوث عن السد من دون جدوى.
ما نخشاه أن المشكلة تطال الآن سد غربي طفس الذي تصب فيه المياه الملوثة , والأمل ألا يلحق بسابقه فيخرج من الخدمة , والأمر يقاس على سدي درعا وعدوان والشيخ مسكين وإن كان بنسب أقل .
في النهاية, تلوث مياه السدود بمياه الصرف الصحي ظاهرة خطيرة من الضروري معالجتها,لأضرارها الجسيمة على الإنسان والبيئة ، وبحاجة إلى حلول فورية, فلايعقل أن يذهب حوالي 40 مليون متر مكعب من المياه سنوياً هدراً بسبب تأخر انجاز محطات المعالجة رغم تطمينات الإقلاع بها نهاية العام الماضي ولحينه لم نرشيئاً على أرض الواقع !!