وبحسب التقرير فإن من أبرز هذه الصعوبات والمعوقات عدم توافر الأقماح بالنوعية التي تمكن الشركة من تنفيذ الخلطة الطحنية المعتمدة
وقلة كمية الأقماح الواردة للمطاحن العامة والخاصة المتعاقدة ، الأمر الذي أدى لتوقف بعض منها وانقطاع التيار الكهربائي في بعض الأحيان وعدم انتظامه، الأمر الذي يسبب انخفاض الطاقة الطحنية إضافة للمشاكل الفنية وعدم توافر الكادر الفني اللازم لتشغيل المطاحن بالشكل المطلوب وصعوبة وصول العمال إلى أماكن عملهم في بعض المناطق بسبب الظروف الراهنة وعدم توافر القطع التبديلية في الأسواق المحلية وغلاء الأسعار إن وجدت والحصار الاقتصادي الجائر المفروض على الشعب السوري والذي يطيل نوعاً ما أمد عملية الاستيراد المباشر للقطع التبديلية اللازمة لعمل المطاحن وعدم توافر القطع التبديلية بالشكل المطلوب وغلاء سعرها إن وجدت.
وعلى صعيد وضع المطاحن أشارت الوزارة في تقريرها إلى حالة المطاحن العاملة والمتوقفة خلال الربع الأول من العام الجاري 2015، لافتة إلى أن المطاحن العامة العاملة في فرع دمشق هي تشرين وبردى وآذار والجولان والأسد الوطنية والناصرية ، أما في فرع حلب فالمطاحن العاملة هي مطحنة الشهباء وهنانو والجلاء والثورة وفي فرع حمص فالمطاحن العاملة هي مطحنة ابن الوليد والهلال ، وفي فرع حماة مطحنة حماة ومطحنة الفداء والسلمية ، وفي فرع اللاذقية مطحنة الساحل وجبلة واللاذقية، أما في فرع القامشلي فمطحنة القامشلي والحسكة والجزيرة ، إضافة إلى مطاحن فروع أخرى مثل مطحنة طرطوس ومطحنة طرطوس المستقلة ومطحنة إدلب ، وفي فرع درعا مطحنة درعا والمستقلة ، وفي فرع دير الزور مطحنة دير الزور ومطحنة الفرات ، أما بالنسبة للمطاحن المتوقفة فهي في فرع حلب مطحنة الحرية والوحدة وحلب الحديثة ومنبج وخان طومان وفي فرع دمشق الغزلانية وفي فرع حمص مطحنة الزهراء والنجمة ومطحنة الفرات في دير الزور.
تقرير الوزارة أشار إلى أن الطاقة الطحنية اليومية للمطاحن العامة العاملة قد بلغت 4685 طناً والمطاحن المتوقفة 2275 طناً ومخزون الدقيق 47983 طن دقيق ، وقد تم التعاقد مع عدد من المطاحن الخاصة في مختلف المحافظات على طحن مادة القمح لصالح الشركة بطاقة طحنية بمعدل 1200 طن قمح يومياً تقريباً، وحققت المطاحن العامة والخاصة الاكتفاء الذاتي من مادة الدقيق وبلغ الإنفاق على أساس الخطة الإسعافية خلال عام 2015 لغاية تاريخه مبلغ 92,7 مليون ليرة سورية ، في حين بلغ الإنفاق على الخطة الاستثمارية لنهاية الشهر الرابع من العام الجاري 2015 مبلغ 56,3 مليون ليرة سورية.
أما أهم ما تم إنجازه في مجال خطة عمل الشركة فهو متركز في مطحنة الكسوة حيث إن الجهة المنفذة للمشروع هي الشركة العامة للمخابز والوحدة الاقتصادية لتصنيع المخابز والمطاحن والتي قامت بتركيب الآلات والتجهيزات لزوم المطحنة وحالياً تقوم بالتجريب على الحمل ولكافة أقسام المطحنة مع دخول مطحنة الغزلانية بالإنتاج وبفترة تجارب حالياً لدخولها بالإنتاج بشكل كامل وبخط واحد.