وعلى الرغم من ذلك فإنها لم تسلم من الممارسات الخاطئة والتعديات المستمرة, حتى بات معظمها يرزح تحت كم هائل من المشاكل البيئية, مما أثقلها وأثر على انتاجيتها وأدائها البيئي العام.
وقد تفاقمت مشكلات هذه البحيرات بشدة في الفترة الأخيرة, مما حدا بوزارة البيئة الى تنظيم مؤتمر قومي لانقاذها ومن تلك المشاكل ارتفاع مستويات التلوث الى معدلات غير مسبوقة, وهو ماانطبع على الحالة الصحية لألاف المواطنين القاطنين حول البحيرات, ومنها غزو النباتات الطافية والمغمورة مما أعاق أنشطة الملاحة والصيد.
ومنها ايضاً تكرار اغلاق الفتحات البحرية بالطمي مما ساهم في عدم تجدد مياهها وبالتالي اضمحلال انتاجيتها وثرواتها السمكية.
بالاضافة إلى التعديات الكثيرة على هذه البحيرات من كل اتجاه وتتضمن ما تتضمن التجفيف المتعمد لاجزاء كبيرة من مسطحاتها المائية أو استقطاعها للاستغلال في التوسع العمراني أو الزراعة أو انشاء مزارع سمكية أو طرق او غيرها.
لقد انخفضت درجة التنوع الاحيائي بشكل واضح في هذه البحيرات, حيث تفيد جميع التقارير باختفاء اعداد كبيرة من أنواع الاسماك والطيور المهاجرة والثدييات وبقية الاحياء التي تشكل الشخصية البيئية لهذه البحيرات.