ثم تابع دراسته الثانوية في دار المعلمين في مدينة الناصرة بفلسطين وكان يومها في الثالثة عشرة من عمره، ودرس هناك أربع سنوات ثم رشح من قبل إدارة دار المعلمين العليا ليتابع دراسته في روسيا القيصرية وسافر إلى بولتافا وهي مدينة في أوكرانيا والتحق بمدرسة كهنوتية يطلقون عليها اسم (السيمنار الروحي) واختلط بالشعب الروسي وبالنظر إلى ميله إلى الأدب فقد تعمق كثيراً في درس الأدب الروسي وكذلك الآداب العالمية المترجمة إلى اللغة الروسية.
عاد نعيمة إلى لبنان عام 1912 بعد أن أنهى دراسته في روسيا ومنها سافر إلى الولايات المتحدة الأميركية.
وهناك درس في جامعة ولاية واشنطن وتخرج فيها بدرجتي بكالوريوس علوم وبكالوريوس في الحقوق.
وفي هذه المرحلة التقى بالأديب جبران خليل جبران عميد الأدب المهجري، التقى به لأول مرة في مجلة دار الفنون التي كان يصدرها الأديب نسيب عريضة في نيويورك ودامت هذه الصداقة حتى وفاة جبران في عام 1931.
عاد نعيمة إلى لبنان عام 1932 بعد أن بقي في الولايات المتحدة مدة زادت على عشرين سنة واستقر في قريته بسكتنا المطلة على جبال صنين.
ومنذ ذلك الحين صار ميخائيل نعيمة يحمل لقب (ناسك الشخروب) التي تبعد عن قريته نحو 5 كيلو مترات وقد أطلق عليه هذا اللقب الروائي توفيق يوسف عواد وذلك بعد أن زار نعيمة إثر عودته من نيويورك.
ترك ميخائيل نعيمة كتابات شعرية ونثرية نذكر منها: الغربال الذي يعتبر من الكتب المهمة في النقد الأدبي وهمس الجفون ويتضمن مجموعة من قصائده المهجرية، وسبعون ويسرد فيه سيرته الذاتية، ومرداد الذي تضمن تأملاته الفلسفية.
وفي يومه الأخير.. وكان في 28 شباط عام 1988 نظر إلى المجتمعين حول سريره وقال: لا تحزنوا أنا عائد إليكم مرة ثانية.. لاعتقاده بأننا نحيا أكثر من عمر.. نموت ثم نعود إلى الأرض.. ونموت ثم نعود.
ولعله في هذا الموقف.. طموح الحياة الثانية كان مؤمناً بما قاله صديق عمره جبران في كتابه (النبي):
لا تنسوا أنني سأعود إليكم
قليلاً بعد هنيهة من الراحة فوق الريح، وامرأة أخرى تلدني.