وتوجد بعض المعاجين التي تحتوي على مركبات خاصة لمعالجة بعض الحالات المرضية مثل حساسية الأسنان أو التهابات اللثة المزمنة أو لتبييض الأسنان وجميعها تختلف بتركيز المواد الفعالة وهناك اعتقاد بأن الزمرة الجرثومية الموجودة في الفم، قد تألف المواد المضادة للجراثيم التي توجد في معجون معين، بالتالي يصبح هذا المعجون عديم الفعالية تجاهها وينصحون بضرورة تبديل المعجون بين الحين والآخر إلا أن هذا الرأي غير مؤكد من قبل الدراسات العلمية بل على العكس من ذلك، فهنالك آراء علمية تقول إن درجة تركيز مضادات الجراثيم في معاجين الأسنان تكون بسيطة جداً والجراثيم الفموية لا تتعرض لهذه المواد لفترات زمنية طويلة تسمح بفعالية في التأثير إضافة إلى التشابه الكبير في المحتوى الكيميائي بين معظم المعاجين، الأمر الذي يجعل من تبديل معجون الأسنان رغبة شخصية ترتبط بنكهة المعجون وشكل علبته ودرجة انتشاره وتكلفته المادية.‏