ثم حولت الى كلية تابعة لجامعة حلب بالمرسوم رقم (2693) تاريخ 7/12/1988 وسميت كلية الزراعة الثانية بدير الزور ثم احدثت جامعة الفرات عام 2006 وبذلك أصبحت تابعة لها .
يوجد في الكلية الأقسام التالية:العلوم الأساسية – التربة واستصلاح الاراضي – وقاية النبات – الهندسة الريفية – علوم الأغذية – الانتاج الحيواني – المحاصيل الحقلية – البيئة والحراج – الاقتصاد الزراعي – البساتين .
وتمنح جامعة الفرات بناء على اقتراح مجلس كلية الهندسة الزراعية درجة الاجازة العامة في الهندسة الزراعية .
ويبلغ عدد الطلاب الذكور في الكلية /549/ طالباً ، بينما يبلغ عدد الطلاب الإناث /962/ طالبة ، والمجموع العام هو /1511/ طالباً وطالبة .
وتهدف كلية الهندسة الزراعية بجامعة الفرات إلى تخريج المهندسين الزراعيين المزودين بالمعرفة والخبرة الفنية للمساهمة في التطوير الزراعي ،والقيام بالبحوث العلمية الزراعية للحصول من خلالها على المعارف الجديدة وايجاد حلول لمختلف القضايا التي تواجه التطور في المجال الاقتصادي والزراعي إضافة إلى تطوير وسائل وأساليب البحث والتعليم وأصول التدريس في مجال الزراعة .
وتساهم الكلية بالمشاركة في تشخيص المشاكل الزراعية بالمنطقة الشرقية وايجاد الحلول المناسبة لها والمساهمة بشكل فعال في تنمية المنطقة الشرقية ، والتواصل مع المؤسسات والهيئات الزراعية المختلفة ووضع استراتيجية موحدة تهدف الى سياسات زراعية تخدم الدولة والمجتمع ، والتواصل مع المزارعين والفلاحين وايجاد الحلول المناسبة لمشاكلهم .
وتعمل الكلية على تنمية مهارات الطالب العلمية والسياسية وإنماء وعيه القومي والوطني وحبه للعمل ، وتوجيه الطلبة نحو الاختيار الأمثل للفعاليات التي يمارسونها والتي تتناسب مع مقدراتهم وميولهم العلمية والعملية ، وتوثيق الروابط الثقافية والعلمية مع الكليات والهيئات العلمية الزراعية العربية خاصة والأجنبية عامة .