واثر فشل هذه المشاريع ، بدأت إسرائيل في تقليب دول منابع النيل ضد الاتفاقيات السابقة ، فظهرت بوادر الخلاف بين هذه الدول من جهة وبين مصر السودان من جهة اخرى ، فانشأت أثيوبيا في بداية الثمانينيات سد فيشا على أحد روافد النيل الأزرق، وهو ما خفض حصة مصر من مياه النيل بمقدار نصف مليار متر مكعب سنويا، إضافة لثلاثة مشروعات أخرى تؤثر على حصة مصر بمقدار 7 مليارات متر مكعب سنويا، وهو ما يعني تخفيض حصة مصر من مياه النيل بقدر الزيادة التي حصلت عليها من إنشاء السد العالي، ثم هدأت الأمور إلى حد ما حتى عام 2004 حيث أعلن وزير الثروة المائية التنزاني أن بلاده ترغب في التزود من مياه بحيرة فيكتوريا، وهو ما قوبل بالرفض من جانب مصر والسودان لأن من شأن ذلك التأثيرعلى حصتهما من مياه النيل، وزادت المشكلة العام الماضي حينما انسحبت وزيرة الثروة المائية الكينية من اجتماع المجلس الوزاري لدول حوض النيل الذي عقد في كينشاسا عاصمة الكونغو الديمقراطية وأعلنت أن بلادها تعتبر اتفاقية المياه بين دول حوض النيل كأنها لم تكن، وهو ما اعتبره وزير الري المصري السابق محمود أبو زيد بمثابة إعلان حرب علي مصر.‏