اتبع الإخوان المسلمون في عهد حسن البنا أساليب ماسونية يهودية في بيعتهم للمرشد العام كما ذكر محمود عساف السكرتير الخاص لحسن البنا نفسه كما اتهم الشيخ محمد الغزالي وقد كان أحد أعضاء مكتب الإرشاد أيام حسن الهضيبي بعض القيادات بالماسونية وذكر أن الماسونية اخترقت الإخوان المسلمين.
وقد اعتمدت الحركة منذ نشأتها على الاعمال الارهابية والاغتيالات كسياسة رئيسية لها ويؤكد وزير شؤون رئاسة الجمهورية الأسبق والسكرتير الخاص للرئيس جمال عبد الناصر في شهادة تاريخية نادرة عن الإخوان المسلمين في مصر أن فكر الجماعة هو فكر إرهابي دموي أصلا حيث يستهل شهادته بالتنبيه إلى عنصر أساسي في نشأة الجامعة فيقول خرج الإخوان المسلمون من السجون بفكر إرهابي مبني على تكفير الحكم وضعه منظر الجامعة السيد قطب في كتابة معالم على الطريق وكشف أنهم خططوا لاغتيال العديد من الشخصيات السياسية والثقافية والاعلامية البارزة وبيان تفاصيل هذا الأمر محفوظ في أرشيف سكرتارية الرئيس للمعلومات بمنشية البكري وأرشيف المباحث العامة وأرشيف الاستخبارات الحربية.
كما يكشف بالأدلة الدامغة والشواهد أن الجماعة كانت دائما وعلى غرار تيارات الحركة الأصولية عبر العالم الإسلامية أداة بين أيدي المخابرات الأميركية والإسرائيلية.
وفي جردة حساب بسيطة لاهم الاعمال الارهابية واغتيالات والتفجيرات التي قامت بها الجماعة أيام البنا تظهر التاريخ الاسود لـ الجماعة فمن مقتل المستشار القاضي الخاندار الى مقتل رئيس الوزراء السابق محمود النقراشي الى محاولة قتل ابراهيم عبد الهادي باشا اضافة الى تفجير جميع أقسام الشرطة في القاهرة يوم 2/12/1946 كما عمد النظام الخاص للإخوان إلى ارهاب الحزبين اللذين منحا صدقي باشا الأغلبية البرلمانية للسير قدماً في تضييع حقوق مصر دون أن تقع خسائر في الأرواح وذلك بإلقاء قنابل حارقة على سيارات كل من هيكل باشا رئيس حزب الأحرار والنقراشي باشا رئيس حزب السعديين في وقت واحد وصولا الى احداث تفجير محلات شيكوريل والشركة الشرقية للاعلانات وشركة أراضي الدلتا بالمعادي وتفجير النادي المصري الانكليزي وتفجير فندق الملك جورج واحراق مخازن البترول في سفح جبل عتاقة.
لم يقتصر نشاط الجماعة داخل مصر بل اخذت بالانتشار في العديد من الدول العربية والعالمية ففي عام 1942 وخلال الحرب العالمية الثانية عمل الاخوان على نشر فكرهم في كل من شرق الأردن وفلسطين كما قام الفرع السوري بالانتقال إلى دمشق في عام 1944.
وسرعان ما انتشر فكر هذه الجماعة ونشأت جماعات أخرى تحمل فكر الإخوان في العديد من الدول ووصلت الآن إلى 72 دولة تضم كل الدول العربية ودولا إسلامية وغير إسلامية في القارات كافة.
الصدام الذي حدث بين الإخوان وثورة تموز 1952 للضباط الأحرار بزعامة الرئيس جمال عبد الناصر انهى مرحلة من تاريخ الجماعة فلم يترك قادة الجماعة نقيصة إلا وألصقوها بالرئيس جمال عبد الناصر وتعددت اتهاماتهم له فمن الكفر بالله والردة عن الإسلام إلى العمالة للمخابرات الأميركية والشيوعية العالمية في وقت واحد إلى الادعاء بأن والدته يهودية الأصل ولم يتوقفوا عند ذلك بل اتهموه بالماسونية والعمالة للصهاينة رغم أنه من أصدر قرار إغلاق المحافل الماسونية وأندية الروتاري والليونز وأشرس من تصدى للصهيونية العالمية.
بعد ثورة 23 تموز أرادت جماعة الإخوان المسلمين فرض سيطرتها وحاولت ابتزاز مجلس قيادة الثورة ومساومتهم بأن يكون الرأي النهائي لها في جميع القوانين والقرارات التنظيمية الصادرة من مجلس القيادة مقابل دعم جماعة الإخوان لهم أي الحكم من خلف الستار أو كما قال الرئيس المصري الأسبق اللواء محمد نجيب في مذكراته كان الإخوان المسلمون يريدون بذلك السيطرة على الحكم دون أن يتحملوا المسؤولية حيث رفضت الجماعة المشاركة في أي حكومة يتم تشكيلها وقد رفض عبد الناصر شروطهم كافة وكان ذلك نقطة التحول المهمة في موقف الإخوان من ثورة 23 تموز وحكومة الثورة.
بعد تلك التطورات بدأت الحرب الخفية والمعلنة ضد الثورة وعبد الناصر ومن أهمها محاولة اغتياله الفاشلة في حادثة المنشية في 26 تشرين الأول 1954 حيث تعرض عبدالناصر لمحاولة اغتيال في الاسكندرية بـ 6 طلقات رصاص لم تصبه بأذى لتتحول العلاقة بعد تلك الواقعة تماما بين الجماعة وعبد الناصر.
الرئيس عبد الناصر اتهم والنظام آنذاك جماعة الاخوان بالوقوف وراء محاولة الاغتيال وهي الاتهامات التي دفعت حسن الهضيبي للهرب والحكم على عدد من أعضاء الجماعة بأحكام تراوحت بين الاعدام والسجن المشدد والحبس مع ايقاف التنفيذ. وعقب محاولة الاغتيال الفاشلة تعرضت جماعة الاخوان لحملة اعتقالات واسعة حيث تم القبض على العشرات من أعضائها ووضعهم في المعتقلات السياسية وسط انكار شديد من الجماعة لمسؤوليتها عن محاولة الاغتيال الفاشلة.
في 30 تموز 1965 ألقت الشرطة المصرية القبض على شقيق سيد قطب وقام سيد بإرسال رسالة احتجاج للمباحث العامة في تاريخ 9 آب 1965 أدت تلك الرسالة إلى إلقاء القبض عليه والكثير من أعضاء الجماعة وحكم عليه بالإعدام مع 6 آخرين وتم تنفيذ الحكم في فجر 29 آب 1966.