وتعد التصفيات الأولى التي تقام على مستوى المدارس هي محطة مهمة ومفصلية، يتم من خلالها الكشف الأولي عن حالة التميز لدى الطلاب وإمكانية استمرارها وتنميتها وبلوغها درجة الإبداع في المادة العلمية التي يرغبونها، وتعتمد أسئلة الاختبارات على الطريقة التحليلية البعيدة عن النمطية والحفظية، حيث يكمن المحور الأساسي لفكر الأولمبياد العلمي الذي يعتمد على الذكاءالعلمي والتحليلي ولا يهدف إلى الحل بقدر ما يبحث في كيفية الوصول إلى الحلول واستكشافها، ويتأهل بنتيجتها 5 طلاب في كل اختصاص الى المستوى الثاني على مستوى المحافظات.‏