عندما نستعمل أفران الميكروويف في طهي الطعام فمن المحتمل جداً، أن نصاب ببكتيريا السالمونيلا التي هي أخطر أنواع البكتيريا التي تسبب الكثير من حوادث التسمم الغذائي، ذلك لأن أفران الميكروويف تطهو الطعام سريعاً جداً، وفي زمن محدد للغاية، مما لا يسمح أحياناً بالقضاء التام على الميكروبات، كما أن بوسع بكتيريا السالمونيلا مقاومة تأثير الموجات الدقيقة للميكروويف، وخاصة عندما يكون الطعام مملحاً.‏